Распад СССР, образование новой независимой России и начало перестройки стагнирующей экономики на рыночных принципах привели к тому, что объем заказов на традиционную оборонную продукцию со стороны государства резко упал. При этом появились новые, рыночные возможности в развитии, которые требовалось осваивать в самые жесткие сроки. Так начался современный период в истории завода «Янтарь», начало которого было, наверное, самым тяжелым за все годы с его основания.

В начале 1990-х годов начался непростой процесс реструктуризации под новые условия работы. На волне общероссийской приватизации в сентябре 1993 года по приказу генерального директора завода Леонида Змачинского «Янтарь» сменил форму собственности — государственное предприятие стало открытым акционерным обществом с сохранением контрольного пакета акций (51%) в руках государства.

Став после 1991 года главной ремонтной базой Балтийского флота завод производил поддерживающий ремонт практически всех остающихся в его составе крупных надводных кораблей.

В эти годы на судостроительном заводе «Янтарь» находился в стадии прохождения государственных испытаний головной СКР проекта 11540 «Неустрашимый». На плаву достраивался до 1994 года однотипный СКР «Неприступный». На стапелях находились СКР проекта 11540 «Туман», БПК проекта 1155.1 «Адмирал Чабаненко» и «Адмирал Кучеров». Оборонный заказ составлял почти 100% объемов работ предприятия.

Некоторое время госфинансирование сохранялось, что позволило в конце 1992 года сдать СКР «Неустрашимый» и спустить на воду БПК «Адмирал Чабаненко». Достройка и ввод в строй БПК «Адмирал Чабаненко» в результате затянулись более чем на шесть лет, а достройка и ввод в строй СКР «Неприступный» на 15 лет.

Окончательный удар по заводу был нанесен постановлением Правительства РФ от 21 сентября 1994 года, по которому прекращалось строительство всех боевых кораблей, находящихся на стапелях: СКР «Неприступный, «Туман» (пр.11540) и БПК «Адмирал Кучеров» (пр.11551.1). Готовность СКР «Неприступный» и «Туман» на это время составляла соответственно 75,7% и 44,6%. После принятия данного решения флот попытался добиться достройки хотя бы СКР «Неприступный». Корпус «Туман» был в 1998 году спущен на воду для освобождения стапеля завода и законсервирован. БПК «Адмирал Кучеров» был разделан на стапеле в 30% готовности.

«Побывав на Прибалтийском судостроительном заводе «Янтарь», встретившись работниками завода в цехах и на проспектах, познакомившись с проблемами, перспективой, трудностями конверсии, хочу пожелать хорошему коллективу пережить это трудное время с нашей помощью. Будьте уверены, Калининградская область — это край России — говорю это твёрдо и уверенно. Спасибо за тёплую встречу! Борис Ельцин, 8/II — 1991 г.». Это запись из Книги почётных посетителей, которая хранится в заводском музее.

Основной упор в работе делался на поиск клиентов на платежеспособном западноевропейском рынке коммерческих заказов, хотя оборонный заказ также выполнялся, несмотря на хроническое отсутствие его финансирования. При этом велось сокращение персонала и ликвидировались многие непроизводственные подразделения.

В 1993 году при полном отсутствии опыта работы на рынке и в сложных финансовых условиях удалось заключить и начать реализацию важного контракта на строительство серии многоцелевых судов для Эстонского морского пароходства.

Кроме того, удалось заключить контракты еще на ряд судов для германского заказчика и Балтийского морского пароходства. Однако невозможность проведения радикальных мер по реструктуризации, вызванная отсутствием внятной государственной позиции по управлению своей собственностью, и отсутствие финансовых механизмов, принятых на западном судостроительном рынке, привело к потере ряда начатых заказов и резкому росту уровня задолженности завода перед своими рабочими, контрагентами, банками и государством.

В июле 1997 года был заложен головной СКР проекта 12441, получивший название «Новик».

К 1998 году при полном безучастии государства завод попал под угрозу банкротства. Начался быстрый отток кадров, количество работающих сократилось до 2300 человек.

Справедливо будет отметить, что предпосылки будущей успешной работы сложились именно в этот критический период. Прежде всего, пришло определённое понимание специфических требований правил рыночного хозяйствования. Значительный эффект принесла предпринятая реструктуризация завода, в результате которой были выделены в самостоятельные подразделения, имевшие большую стабильность и адаптацию к рыночным условиям. Была найдена оптимальная схема финансирования выполнения экспортных заказов и продвижения своего товара на рынках. Появились верфи - стратегические партнеры на западном рынке, постоянные заказы которых составляют основную долю объема выполняемых работ.

В этих условиях удалось выполнить полное строительство двух многоцелевых судов 13200 тонн дедвейта и завершить строительство БПК «Адмирал Чабаненко». В результате 1998 году удалось остановить спад объемов производства, а с 1999 года начать его увеличивать. В 1999 году совместно с кредиторами завода, основным среди которых является Внешторгбанк РФ, был начат процесс урегулирования вопросов задолженности. Также в этом году ВМФ передан большой противолодочный корабль «Адмирал Чабаненко».

Основным направлением деятельности завода в 1990-х гг. стало изготовление корпусов крупных и маломерных судов с постепенным увеличением степени достройки и судоремонт. Наиболее плодотворно было сотрудничество завода с германской компанией Fassmer Schiffs- und Bootswerft GmbH & Co, г. Берне (Berne). Для этой верфи с 1992 года построено 15 стальных и алюминиевых корпусов судов различного класса в высокой степени достройки. Также важными для завода партнерами являлись германская верфь Abeking & Rasmussen GmbH, г. Лемвердер (Lemwerder), норвежская верфь Umoe Sterkoder a/s, г. Кристиансунд (Krisitansund), голландская верфь Scheepswerf Peters b.v., г. Кампен (Kampen), голландская компания-судовладелец Dalmulder & van Dijk. В сфере судоремонта основными заказчиками являются пароходства и отдельные судовладельцы рыболовного флота Северо-Западного региона РФ, судовладельцы Норвегии, КРУ ФПС и ВМФ.

Достигнутый предприятием высокий уровень качества продукции был удостоверен сертификатами ведущих европейских классификационных обществ – Английского и Германского Ллойда, Норвежского Бюро Веритас, а также Российского морского Регистра судоходства. В 2001 году были получены сертификаты соответствия продукции требованиям системы качества ИСО 9001 (для гражданской продукции) и ИСО 9002 (для оборонной). Такая заслуженная высокая оценка предоставила заводу право выполнения полного комплекса судостроительных и судоремонтных работ, начиная с конструкторской проработки вплоть до испытания и сдачи судов коммерческого назначения и военных кораблей.