В период Великой Отечественной войны (1941-1945г.г.) завод изготавливал артиллерийские снаряды, ремонтировал военные корабли и подводные лодки, в то же время, начиная с 1943 года начал осваивать строительство новых типов сторожевых кораблей. За счёт принудительного набора рабочей силы из покорённых стран количество рабочих на кёнигсбергской «Ф. Шихау» увеличилось до 19 тысяч, а территория завода разрослась до 110 гектаров.

Во время налетов английской авиации на Кёнигсберг в августе 1944 года заводские корпуса и верфь «Ф. Шихау» не пострадали и продолжили работать вплоть до полного окружения группировки фашистских войск в апреле 1945 года.

Подводная лодка U-2501 после спуска на воду, верфь Шихау, май 1944.

Кстати, одна из улиц в Кёнигсберге называлась Шихауштрассе (Schichau-Strasse), сегодня это улица Машиностроительная. А в берлинском районе Темпельхоф, рядышком с аэродромом, можно без всякого труда отыскать улицу Шихауштрассе - напоминание о Восточно-Прусском судостроительном заводе.

Фирменный знак «Ф. Шихау» после войны стала использовать верфь в немецком городе Бремерхафене. В настоящее время она носит название SSW Schichau Seebeck Shipyard GmbH, специализируется на строительстве морских судов и, как отмечает сайт компании, насчитывает 125 лет своей истории.