Строительство боевых кораблей, ставшее основной послевоенной специализацией завода «Янтарь», имеет давние и прочные традиции. Оборонная продукция завода хорошо известна нескольким поколениям моряков всех флотов бывшего СССР и современной России, а также ряду зарубежных стран своими надежными качественными характеристиками.
За 75 лет деятельности со стапелей завода сошло более 170 военных кораблей для отечественного и союзнических ВМФ. Завод отремонтировал более 500 гражданских судов и кораблей ВМФ.
В 2008 году завод вошёл в состав АО «Объединённая судостроительная корпорация» (ОСК). В 2011 году руководство ОСК заявило, что завод «Янтарь» занимает позицию одного из ведущих российских предприятий в строительстве боевых кораблей 2 и 3 ранга.
В мае 2015 года Министерству обороны передано океанографическое исследовательское судно «Янтарь» проекта 22010. Это уникальное по своим возможностям судно было заложено в день 65-летия завода 8 июля 2010 года и получило название в его честь.
В 2016-2017 годы в состав ВМФ России вошли три первых сторожевых корабля проекта 11356 – «Адмирал Григорович», «Адмирал Эссен» и «Адмирал Макаров», в 2018 году флоту передан большой десантный корабль проекта 11711 «Иван Грен».
23 декабря 2020 года на заводе «Янтарь» состоялась торжественная церемония первого поднятия Военно-морского флага на БДК «Пётр Моргунов». Корабль принят в состав ВМФ России. В церемонии приняли участие главнокомандующий ВМФ РФ Николай Евменов, представители Объединённой судостроительной корпорации и правительства Калининградской области.